Запуск задач на кластерах cпециализированного вычислительного центра для проведения квантово-химических исследований

Настоящий документ описывает процедуру подготовки и запуска задач Gamess и Gaussian на вычислительном центре НИИ ФОХ ЮФУ.

ВНИМАНИЕ: Лицензионные соглашения позволяют использовать программы ТОЛЬКО для академических исследовательских целей.

Доступ к вычислительному ресурсу осуществляется по протоколу ssh. Бесплатный ssh-клиент PuTTY можно скачать здесь. Бесплатный sftp-клиент WinSCP можно скачать здесь.

Основные команды для работы с заданиями

./<имя_пакетного_файла> - запуск пакетного файла из текущей директории
 qstat - проверка состояния Вашей очереди
 qdel <номер> - удаление своего задания № <номер> из очереди
 chmod 700 <имя_пакетного_файла> - установка атрибута выполнения для пакетного файла

Примечание: если при попытке запуска пакетного файла Вы получаете сообщение: "Permission denied.", попробуйте установить атрибут выполнения для пакетного файла.

Пакетные файлы для запуска задач 

В домашнем каталоге пользователя на запускающей машине имеются пакетные файлы для запуска зданий.  В случае утраты этих файлов пользователь может скопировать шаблоны этих файлов из директории /usr/local/bin .

Копирование файлов

Для корректной работы все текстовые файлы при копировании на сервер и обратно должны подвергаться конвертированию из формата Windows в формат Unix (и обратно).

Внимание: *.chk и *.wfn файлы Gaussian, *.dat файлы Gamess текстовыми не являются, поэтому их конвертировать не нужно.

Например, в sftp-клиенте WinSCP конвертация осуществляется при копировании файла путём выбора опции "Text" в меню "Transfer settings...":

В программе far конвертация может осуществляться путем выбора опции ASCII:

Пакетный файл для запуска Gaussian 03

Желтой линией подчеркнуты имена входных файлов.
Красной линией подчеркнуто имя очереди.
Зеленой линией подчеркнуто количество узлов.

Внимание! Входные файлы должны иметь расширение *.com.

Правила подготовки файлов для проведения расчетов с использованием Gaussian 03/09

1. Количество процессоров не указывается.
2. Имена *.chk и *.wfn должны совпадать с именем входного файла.
3. В конце входного файла должна быть хотя бы одна пустая строка.

Пакетный файл для запуска Gamess

Желтой линией подчеркнуты имена входных файлов.
Красной линией подчеркнуто имя очереди.
Зеленой линией подчеркнуто количество узлов.

Внимание! Входные файлы должны иметь расширение *.inp. В конце входного файла должна быть хотя бы одна пустая строка.

Примерный алгоритм работы подготовки и запуска задач с использованием torque

1. Подготовить входные файлы: для Gaussian 03/09 - с расширением *.com, для Gamess - с расширением *.inp.
Замечание: В OS UNIX большие и маленькие буквы различаются.
2. Подключиться с помощью программы PuTTY (или аналогичной) к управляющему компьютеру и проверить командой "qstat -q" наличие свободных ресурсов.
3. Подготовить пакетный файл, прописав в нем имя/имена входных файлов и очереди.
4. С помощью программы WinSCP (или аналогичной) перенести входные файлы и файл для запуска пакета на управляющий компьютер.
5. Запустить стартовый файл командой "./имя_пакетного_файла".
6. Проверить командой "qstat" состояние Вашей очереди.

Со всеми возникающими вопросами следует обращаться по e-mail: Этот e-mail защищен от спам-ботов. Для его просмотра в вашем браузере должна быть включена поддержка Java-script или Этот e-mail защищен от спам-ботов. Для его просмотра в вашем браузере должна быть включена поддержка Java-script .